Bộ môn Hóa học, Khoa Khoa học cơ bản được thành lập năm 1994 cùng với sự thành lập của Khoa Đại cương nay là Khoa Khoa học cơ bản. Bộ môn Hóa học thành lập trên cơ sở sáp nhập Bộ môn Hóa vô cơ Khoa Dược. Các thầy cô giảng dạy môn hóa học trực thuộc Bộ môn Sinh hóa Khoa Y. Năm 2020 Bộ môn Hóa chuyển tên thành Bộ môn Hóa học theo quyết định của Đại học Y Dược Tp. Hồ Chí Minh.
Bộ môn Hóa học thực hiện chức năng đào tạo, nghiên cứu khoa học, đảm bảo công tác chuyên môn của Bộ môn, Khoa, Trường. Bộ môn Hóa học tham gia giảng dạy, rèn luyện sinh viên, các hoạt động công đoàn, hoạt động phong trào văn thể mỹ, công tác Đảng. Giảng viên bộ môn tham gia nghiên cứu khoa học và công bố kết quả trên các tạp chí chuyên ngành, biên soạn giáo trình, chỉnh sửa đề cương chi tiết, cải tiến phương pháp giảng dạy, học liệu từ nhận xét đánh giá ý kiến phản hồi của sinh viên. Ngoài ra, Bộ môn còn tham gia cùng các khoa chuyên ngành trong việc xây dựng chương trình đào tạo theo năng lực, chỉnh sửa đề cương chi tiết học phần cho từng đối tượng sinh viên, đổi mới phương pháp giảng dạy case lâm sàng, câu hỏi lượng giá.