Công đoàn bộ phận Khoa KHCB ra đời từ những ngày đầu Khoa được thành lập. Từ đó đến nay đã gần 30 năm, Công đoàn luôn gắn bó và góp phần tích cực vào sự phát triển của Khoa. Cùng với sự phát triển của Khoa, đến nay Công đoàn bộ phận Khoa KHCB đã từng bước lớn mạnh với một số kết quả hoạt động nhất định, đóng góp đáng kể cho phong trào thi đua chung của Khoa, của Nhà trường và được Công đoàn cơ sở ĐHYD TP.HCM đánh giá là một trong các Công đoàn bộ phận xuất sắc vững mạnh trong hoạt động Công đoàn.
Hiện nay, Công đoàn Khoa Khoa học Cơ Bản là Công đoàn bộ phận trực thuộc Công đoàn cơ sở Đại học Y Dược TP.HCM, hoạt động tuân theo điều lệ của Công đoàn Việt Nam. Công đoàn Khoa hiện có hơn 80 đoàn viên công đoàn sinh hoạt tại 9 Tổ công đoàn trực thuộc.
Phương châm hành động của Công đoàn Khoa KHCB nhiệm kỳ 2023 - 2028 là: “ĐỔI MỚI - DÂN CHỦ - ĐOÀN KẾT - TRÁCH NHIỆM” nhằm đạt được mục tiêu cuối cùng là đem lại lợi ích thiết thực cho toàn thể công chức, viên chức, người lao động của Khoa.