Khoa Khoa Học Cơ Bản được thành lập năm 1994. Quá trình xây dựng, trưởng thành và phát triển của Khoa luôn có sự lãnh đạo của Đảng uỷ Đại học Y-Dược Thành phố HCM.
Hiện nay, Đảng bộ Bộ bộ phận Khoa KHCB gồm 4 chi bộ trực thuộc, số đảng viên được phân bổ sinh hoạt, công tác ở tất cả các Bộ môn, Văn phòng, Đơn vị của Khoa, gồm:
1. Chi bộ Văn phòng: Văn phòng.
2. Chi bộ Khoa Học Tự Nhiên: Bộ môn Toán, Hóa học, Sinh học.
3. Chi bộ Khoa Học Tự Nhiên 1: Bộ môn Ngoại ngữ, Tin học, Vật lý
4. Chi bộ Khoa Học Xã Hội và Nhân Văn: Bộ môn Lý luận Chính trị, Giáo dục Thể chất.