Bộ môn Toán – Khoa Khoa Học Cơ Bản được thành lập năm 1994 cùng với sự thành lập của Khoa Đại Cương nay là Khoa Khoa Học Cơ bản. Bộ môn Toán thành lập trên cơ sở sáp nhập hai Bộ môn Toán thuộc Khoa Y và Khoa Dược, Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh.
Bộ môn Toán đảm nhiệm giảng dạy và cải tiến liên tục chương trình học phần Xác suất - Thống kê Y học (bao gồm cơ bản và nâng cao, lý thuyết và thực hành) cho sinh viên tất cả các khoa thuộc Đại học Y Dược TP.HCM. Mục tiêu giảng dạy hướng đến việc phục vụ nghiên cứu định lượng, ứng dụng khoa học dữ liệu. Bộ môn tập trung vào các nghiên cứu gắn liền với thực tiễn y sinh và giáo dục y học, góp mặt trong các nhóm nghiên cứu về mô hình hóa toán học, đo lường giáo dục học, phân tích dữ liệu hệ gen biểu sinh, xét nghiệm y khoa. Bộ môn chủ động hợp tác với các đơn vị trong và ngoài trường để phát triển nghiên cứu và nâng cao năng lực giảng dạy. Phối hợp nội bộ với Bộ môn Tin học, Trung tâm Đổi mới Sáng tạo GIC, Trung Tâm Kiểm chuẩn Xét nghiệm ĐHYD Phòng ĐBCL GD&KT, Phòng KH-CN để thực hiện các nghiên cứu liên ngành, hỗ trợ phân tích số liệu, đào tạo y khoa liên tục. Liên kết ngoài trường với Đại học Quốc tế và Đại học Khoa học Tự nhiên - ĐH Quốc gia TP.HCM, Đại học Sài Gòn, Đại học Sư Phạm TP.HCM, ĐH Nguyễn Tất Thành để trao đổi kinh nghiệm, hợp tác nghiên cứu.